Die Isel ist der letzte Gletscherfluss der gesamten Alpen, der ohne Stau, Ausleitung oder größeren Schwall durch Kraftwerke noch frei fließt. Ihre wichtigsten Nebenflüsse sind der Tauernbach, Kalserbach und die Schwarzach.

Naturjuwel Isel
Die Isel entspringt am Umbalkees in den Hohen Tauern, durchfließt die Ortschaften Prägraten, Virgen, Matrei, St. Johann im Walde, Ainet und Lienz. Sie nimmt auf ihrem Weg 48 Gewässer auf. Besonders beeindruckend sind die Isel-Katarakte, die mehrstufigen Umbalfälle in Prägraten. Im gesamten Verlauf gibt es keine künstlichen Hindernisse, weshalb Fische ungehindert passieren können, v. a. Regenbogenforellen, Äschen und Huchen fühlen sich in der Isel wohl. Die Deutsche Tamariske, auch Rispelstrauch genannt, wird als stark gefährdet eingestuft und ist daher besonders schützenswert, sie ist eine Pionierpflanze, die nur auf Schotterbänken wächst.

Die Isel ist nicht nur der letzte intakte Gletscherfluss der Alpen, sondern auch Tirols einziger Nationalparkfluss, der die Verbindung herstellt zwischen dem Natura 2000-Bereich des Nationalparks Hohe Tauern mit dem Natura 2000-Gebiet der Oberen Drau. Die Forderung, dass auch die Isel zum "Natura 2000" Schutzgebiet wird, wurde bis heute nicht erhört. Die Isel verfügt über eine ausgezeichnete Wasserqualität, ist beliebt bei Anglern, eignet sich hervorragend für etliche Wassersportarten und ist vor allem für Einheimische und Gäste ein Naherholungsgebiet von unschätzbarem Wert.

Im Jahr 2004 hat die Tiroler Landesregierung, Abt. Umweltschutz einen Naturschutzplan der Fließgewässerräume Tirols in Auftrag gegeben, das Ergebnis lautete: "Die Isel ist aufgrund der Größe des Einzugsgebietes einzigartig in Osttirol und daher auch als sehr seltener Fließgewässerraumtyp eingestuft."

Lebensader Isel
Die Isel bildet mit ihren Zubringern ein stark vernetztes und durch den Menschen in seinen Grundzügen noch wenig verändertes Gewässersystem. Ihre Zuflüsse sind weitgehend ursprünglich; die Isel selbst ist energiewirtschaftlich völlig ungenutzt und weist über weite Strecken einen dynamischen Flussraum mit einer hohen Vielfalt an selten gewordenen Lebensgemeinschaften und Arten auf. Zudem durchfließt die Isel Kern- und Außenzone des Nationalparks Hohe Tauern sowie die Nationalparkregion und verbindet diese Region mit der Kulturlandschaft des unteren Isel- und Drautales. Nach der europäischen Wasserrahmenrichtlinie ist die Isel durch das "Verschlechterungsverbot" geschützt. Die Isel ist ein alpenweiter Referenzfluss über die Grenzen Österreichs hinaus, ihre Erhaltung eine unabdingbare Notwendigkeit.

Gletscherfluss Isel
Als Gletscherfluss zeigt die Isel ein ganz besonderes Abflussverhalten, nämlich deutliche tageszeitliche und jahreszeitliche Schwankungen der Wasserführung. Der typische Tagesgang in den Sommermonaten wird durch die Gletscherschmelze bestimmt: An einem kühlen Morgen fließt viel weniger Wasser als am Abend. Die Sonneneinstrahlung am Gletscher ist am frühen Nachmittag am stärksten; das Schmelzwasser erreicht erst am frühen Abend die Tallagen und in der Nacht die Mündung der Isel in Lienz.

Erlebnis- und Erholungsfluss Isel
Nicht nur aus Naturschutzgründen ist eine ungestörte Erhaltung der Isel angezeigt. Die Isel ist in den Tallagen ein besonders wichtiger Erholungsraum für Menschen und bei Osttirols Bevölkerung und Gästen äußerst geschätzt. Die Isel ist im gesamten Talraum leicht erreichbar und als öffentliches Wassergut für jedermann frei und kostenlos betretbar. Sie ist für Besucher weitgehend erschlossen (Rad- und Wanderwege begleiten an vielen Stellen ihre Ufer) und damit erlebbar für Wanderer, Spaziergänger, Rollstuhlfahrer, Radfahrer, Nordic-Walker, Inline Skater....

Ihr Flussbett und ihre Ufer sind reich gegliedert und damit für verschiedenste Nutzungen geeignet: geselliges Beisammensein am Ufer, Kinderspiel (Sand, Wasser, Steine, ...), Naturbeobachtung, Fotografieren, Fischen, ....

Für den Wassersport (Kajakfahren und Rafting) bietet die Isel verschiedenste Schwierigkeitsgrade und ist als Gletscherfluss mit wechselnder, im Sommer besonders starker Wasserführung und immer wieder sich änderndem Flussbett besonders begehrt.